События предыдущей игры
Пять месяцев назад, в апреле 2016 года Непокорные оказались вынуждены расследовать таинственную пропажу людей из коммуны: около десятка человек в разное время просто вышли из коммуны и не вернулись назад - в их числе были Энрико Кастеллано, давно считавший все идеи основателя коммуны блажью, Тайлер Смит, которого его товарищи с переменным успехом пытались вылечить от наркотической зависимости, Кэтти Кунц, давно фанатевшая от Непокорных, и Джина Мэй, безуспешно лечившаяся от СПИДа. Виновник исчезновений был найден довольно быстро - им оказался Джеффри Кларк, в прошлом изгнанный из Уэйуорд-Стритс за систематическое воровство у своих, - и после этого получивший от неизвестных благодетелей способность становиться невидимым. Сам Кларк ничего не успел сказать - он умер от кровоизлияния мозг в тот момент, когда собирался говорить; оказалось, что безумные учёные вживили ему несколько контролирующих имплантов. Наши герои предположили, что Кларк, продемонстрировав свои новоприобретённые силы, посулил возможность обрести собственные для Энрико и Кэтти (Энрико - чтобы попытаться свергнуть Уличного Волка, Кэтти - чтобы влиться в ряды Непокорных), пообещал Джине некое экспериментальное лекарство, а Тайлеру - предложил возможность подзаработать "добровольцем" для эксперимента.
Кэтти нашлась довольно быстро. Она действительно обрела суперсилы - способность контролировать людей с помощью феромонов - и в дополнение получила небольшой отряд абсолютно покорных ей солдат (часть которых оказалась переделанными пропавшими обитателями коммуны). С помощью своих новых сил ей удалось сбежать из лабораторий безумных учёных, но её солдаты оказались излишне опекающими, не давая своей "королеве" ступить ни шагу без их присмотра. Тогда Кэтти их руками организовала нападение на гуманитарный магазин, где должна была закупаться уэйууордская коммуна, рассчитывая, что это привлечёт внимание Непокорных. Так и произошло - и от Кэтти наши герои узнали, что её держали в лабораториях компании "МилиМед" (официально занимающейся производством военно-медицинского оборудования для Дяди Сэма), и подтвердили свои подозрения, что за всем стоял некий Адам Мендельштейн - бывший профессор НЭУ, апологет идеи "метачеловечества" (согласно которой в будущем все люди должны были стать обладателями суперсил) и... тот самый человек, "благодаря" которому Эрл Эриксон когда-то давно получил свою ликантропию.
Пока Непокорные планировали операцию возмездия, в коммуну нагрянули ещё двое пропавших - Энрико и Тайлер во главе небольшой вооружённой банды, намеревавшейся устроить захват власти в коммуне. К сожалению для себя, Энрико серьёзно недооценил Непокорных: хотя всё те же безумные учёные выдали ему и его людям несколько доз суперстимулятора, многократно увеличивавшего человеческие силу и выносливость, его люди просто не успели этими суперстимуляторами воспользоваться. Энрико и его бандиты были связаны и посажены в подвал коммуны.
Ночной рейд на лабораторию "МилиМеда" был успешен: Непокорные перебили охранников, захватили протоколы экспериментов безумных учёных, освободили Джину (которую подвергли той же операции, что и Кэтти) и захватили в плен самого профессора. Как выяснилось, после побега Кэтти злодейские учёные сделали выводы и вживили Джине заряд взрывчатки в основание черепа, который должен был предотвратить её побег. Мендельштейн, поняв, что бежать ему некуда, пообещал Непокорным извлечь этот имплант в обмен на его жизнь, но не успел - когда он уже начинал операцию, имплант был приведён в действие, и девушка погибла. От страшной мести Непокорных профессора спасло лишь появление злодейской кавалерии на чёрном вертолёте - отдав безумного учёного его таинственным покровителям, уэйуордцы отступили.
С тех пор безумные учёные не пытались вредить коммуне, но и она понесла значительные потери. Кэтти, чувствуя, что её бывшие друзья боятся её новых сил, ушла из коммуны, впоследствии став известна как Красная Королева. Джек, переживавший события тяжелее всех, тоже покинул коммуну, присоединившись к печально известной группе террористов-борцов за права металюдей "Затмение". Энрико, сумевший сбежать из коммуны, пока её обитатели готовились отражать атаку злодейской кавалерии, вновь появился на горизонте - как оборотень Чёрный Волк, похоже, всё ещё пользуясь покровительством загадочных суперзлодеев и явно не оставив мечты о власти.